Στην ομάδα αυτών των μικρών νησιών συμπεριλαμβάνονται οι νησίδες Ασπρονήσια, Καλαπόδια, Φράγκο, Πλάβι και άλλα μικρότερα νησιά συνολικής έκτασης 23 τετραγωνικών χιλιομέτρων. Η ιστορία αυτών των νησιών είναι αναπόσπαστα συνδεμένη με την ιστορία των γειτονικών της νησιών και ιδιαίτερα της Πάτμου. Το όνομα είναι πανάρχαιο και συναντιέται με τη μορφή «Λειψία» σε πανάρχαιες επιγραφές.
Οι Λειψοί κατοικήθηκαν από τα προϊστορικά χρόνια συνεχώς μέχρι σήμερα. Σε διάφορα σημεία του νησιού βρέθηκαν επιγραφές και αγγεία χρονολογούμενα στους κλασσικούς χρόνους. Το 1370 π. Χ. περνούν από το νησί οι Κάρες και μετά από 170 χρόνια έρχονται οι Δωριείς που κυριεύουν το νησί γύρω στο 1200 π. Χ.
Οι Ίωνες διαδέχτηκαν τους Δωριείς και ήταν κυρίαρχοι του νησιού για αρκετές δεκαετίες μετέπειτα. Απομεινάρια από διάφορα ευρήματα που βρέθηκαν πάνω σε λόφο, μαρτυρούν ότι γύρω στον 4ο αιώνα π.Χ. πρέπει να υπήρχε μία μικρή πόλη πάνω εκεί που ήταν από φυσικής πλευράς ένα οχυρό.
Το 730 μ.Χ. οι Λειψοί γίνονται κομμάτι του τότε Βυζαντινού κράτους – μετέπειτα και ως τον 11ο αιώνα μ.Χ. η ιστορία των νησιών χάνεται γιατί όπως και πολλά άλλα νησιά του Αιγαίου ερημώθηκε.
Τον 11ο αιώνα μ.Χ. μεταβιβάζεται στον Όσιο Χριστόδουλο το γειτονικό νησί της Πάτμου (όπου χτίζει και το μοναστήρι του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου ) καθώς και τα νησιά των Λειψών. Για 566 χρόνια, αυτά τα νησάκια, βρίσκονται στην απόλυτη κυριότητα της Μονής Πάτμου.
Η κατοίκηση των Λειψών μπορεί να ξεκίνησε πριν από 3800 χρόνια όμως η γεωλογική ιστορία του νησιού έχει αρχίσει πριν από πολλά εκατομμύρια χρόνια. Το νησί αποτελείται από Τριαδικούς έως Ιουρασικούς ασβεστόλιθους της Πελαγονικής ζώνης δηλαδή ηλικίας 200 εκατομμυρίων χρόνων. Αν και αυτά τα νησιά βρίσκονται κατά ένα μεγάλο μέρος μεταξύ των ηφαιστειακών νησιών της Πάτμου στο βορρά και της Κω στο νότο εν τούτοις δεν περιέχουν κανέναν ηφαιστειακό βράχο.
Οι ασβεστόλιθοι δημιουργήθηκαν σε μια τεράστια χαμένη θάλασσα που οι γεωεπιστήμονες ονόμασαν Τηθύ και τότε κάλυπτε όλο τον ελληνικό χώρο. Σε αυτή την θάλασσα τότε υπήρχε μια υποθαλάσσια οροσειρά η Πελαγονική που βρισκόταν ανάμεσα σε δύο ωκεανούς, του Αξιού και εκείνο της Πίνδου που τότε και αυτός δεν είχε γίνει ακόμη οροσειρά.
Το βάθρο στο οποίο αυτοί οι ασβεστόλιθοι εκτίθενται βρίσκεται στην Λέρο, και αποτελείται από σχιστόλιθους που συνθέτουν το μεγαλύτερο τμήμα του εσωτερικού μέρους του νησιού. Αυτοί οι βράχοι αποσαθρώνονται ευκολότερα από τους ασβεστόλιθους και παράγουν ένα καλύτερο χώμα και σε αυτό οφείλεται η γονιμότητα της Λέρου.
Ο μεγαλύτερος σεισμός(5,7R) που έχει καταγραφεί στην περιοχή των Λειψών ήταν το 1906 με επίκεντρο τον υποθαλάσσιο χώρο μεταξύ Πάτμου και των νήσων Αρκών που βρίσκονται βορειανατολικά του νησιού. Οι Λειψοί δεν παρουσιάζουν έντονη σεισμική δραστηριότητα αφού δεν έχουν καταγραφεί σεισμογόνα ρήγματα στην περιοχή.
Ωστόσο το νησί επηρεάζεται από τα γειτονικά σεισμοτεκτονικά κέντρα της Αμοργού και της Χίου. Το 1956 το τσουνάμι της Αμοργού επονομαζόμενο και ως τσουνάμι του Αιγαίου έγινε ιδιαίτερα αισθητό με κύματα ύψους έως 3 μέτρων.