Κατά τον μύθο την εποχή που στη Θεσσαλία βασίλευε ο Δευκαλίωνας ο Δίας αποφάσισε να καταστρέψει όλη την γενιά των ανθρώπων που ήταν διεφθαρμένη, με εξαίρεση τον δίκαιο βασιλέα και την γυναίκα του την Πύρρα.
Ο Δευκαλίωνας λοιπόν μετά από συμβουλή του πατέρα του κατασκεύασε ένα πλοίο συγκέντρωσε τα απαραίτητα εφόδια για την επιβίωση τους και επιβιβάστηκε στο πλοιάριο μαζί με την γυναίκα του. Στο μεταξύ ο Δίας ανοίγει τους καταρράκτες του Ουρανού και το έδαφος της Ελλάδας γεμίζει με νερό και οι άνθρωποι χάνονται. Για εννέα μέρες και εννέα νύχτες το βασιλικό ζευγάρι περιφέρεται από τα νερά μέσα στο πλοιάριο. Την δέκατη όμως ημέρα προσάραξε στο όρος Όθρυς ή κατά άλλη εκδοχή στον Παρνασσό ή στον Άθω. Εκεί όταν οι βροχές σταμάτησαν και τα νερά υποχώρησαν ο Δευκαλίων και η Πύρρα κατέβηκαν στην ξηρά και το πρώτο πράγμα που έκαναν ήταν θυσία στον Φύξιο Δία (προστάτης των φυγάδων). Ο θεός που επικαλέστηκε ο θεοσεβής Δευκαλίωνας έστειλε τον Ερμή για να τους μεταφέρει την υπόσχεση ότι ο Δίας θα πραγματοποιούσε την πρώτη ευχή τους.Και η πρώτη ευχή του Δευκαλίωνα και της Πύρρας δεν ήταν άλλη από το να δώσει και πάλι ζωή ο Δίας στο ανθρώπινο γένος.
Κατά μία άλλη εκδοχή η οποία προέρχεται από την Φωκίδα ο Δευκαλίωνας και η Πύρρα πήγαν στους Δελφούς και στο ιερό της Θέμιδας για να εκφράσουν και σ αυτή την ίδια επιθυμία. Η θεά τους άκουσε και τους απάντησε με τον παρακάτω χρησμό: Αν ήθελαν να φέρουν στη ζωή νέους ανθρώπους θα έπρεπε να καλύψουν τα πρόσωπά τους και να ρίχνουν πίσω από την πλάτη τους τα οστά της μητέρας τους.Εκείνοι κατάλαβαν την ερμηνεία του χρησμού και αφού έκαναν ότι τους έλεγε ο χρησμός άρχισαν να πετάνε πέτρες πίσω από την πλάτη τους, αφού αυτές προέρχονταν από τα σπλάχνα της μάνας Γης .
Οι πέτρες που πετούσε ο Δευκαλίωνας μεταμορφώνονταν σε άνδρες και αυτές που πετούσε η Πύρρα μεταμορφώνονταν σε γυναίκες. Από την πρώτη δε πέτρα που πέταξε ο Δευκαλίωνας προήλθε ο Έλληνας, γενάρχης των Ελλήνων .
Για τον κατακλυσμό του Δευκαλίωνα υπάρχουν και άλλες παραλλαγές όπως π.χ. ότι αυτός έγινε όταν βασιλιάς στην Βοιωτία ήταν ο Ωγύγος πρώτος βασιλιάς της χώρας των Βοιωτών, ή κατά τους Μεγαριείς από τον κατακλυσμό σώθηκε μόνο ο Μέγαρος ο οποίος κατέφυγε στην κορυφή των Γερανίων. Παρόλα αυτά η εκδοχή του Δευκαλίωνα και της Πύρρας είναι αυτή που διαδόθηκε ευρύτατα και επικράτησε όλων των άλλων και κατά την εποχή του Πλούταρχου εμπλουτίστηκε και με άλλα στοιχεία και λεπτομέρειες που προέρχονται από ασιατικές παραδόσεις, θυμίζουν σε πολλά σημεία τους την εκδοχή που διηγείται η Βίβλος.