Ανάμεσα στα αρχαία κτίσματα διακρίνεται ένας ψηλός τετράγωνος πύργος, ο οποίος βρισκόταν απέναντι από το ναό της Αθηνάς Νίκης. Ο πύργος ανήκε στη διάσημη οικογένεια της Φλωρεντίας, Ατσαγιόλι, η οποία πήρε το όνομά της επειδή ασχολήθηκε με το εμπόριο ατσαλιού και βασίλεψε στο Δουκάτο των Αθηνών για 73 χρόνια. Την περίοδο της κυριαρχίας τους στην Αθήνα μετέτρεψαν τα Προπύλαια σε παλάτι και η αρχαία είσοδος σφραγίστηκε. Για να ανέβει κάποιος στην Ακρόπολη έπρεπε να περάσει από έναν ελικοειδή δρόμο που κατέληγε στο πίσω μέρος της σημερινής εισόδου. Μέσα στο παλάτι είχε χτιστεί και ένα καθολικό εκκλησάκι.
Ο Μακρυγιάννης μαζί με τον Κωλέττη είχαν αμφιβολίες για την δράση του Ανδρούτσου και οργάνωσαν πλεκτάνη εναντίον του. Αφού έστειλαν το παλιό πρωτοπαλίκαρο του Ανδρούτσου, Γιάννη Γκούρα, να τον συλλάβει, τον φυλάκισαν στο κάτω μέρος του πύργου της Ακρόπολης και τον βασάνισαν. Στις 5 Ιουνίου 1825 ο Ανδρούτσος δολοφονήθηκε από άντρες του Γκούρα στο κελί του και το άψυχο σώμα του πετάχτηκε στα βράχια της Ακρόπολης.
Μετά τη σύσταση του νεοελληνικού κράτους αποφασίστηκε η κατεδάφιση των μετα-κλασικών κτισμάτων που βρίσκονταν στον Ιερό Βράχο. Την περίοδο εκείνη επικρατούσε το ρεύμα του νεοκλασικισμού και οτιδήποτε δεν είχε σχέση με την Αρχαία Ελλάδα κρίθηκε ότι ήταν περιττό. Το 1874 ο Ερρίκος Σλήμαν, ο Γερμανός αρχαιολόγος που ανέσκαψε την Τροία χρηματοδότησε την κατεδάφιση του πύργου και από τότε τα Προπύλαια πήραν τη σημερινή τους μορφή. Μια ενέργεια που κατά καιρούς επικρίθηκε έντονα γιατί αφαίρεσε ένα μνημείο από τον αρχαιολογικό χώρο.
