Με καθυστέρηση ενός έτους (21-9-1687), ο Μοροζίνι, αφού ενισχύθηκε με πρόσθετες δυνάμεις, αποβίβασε δύναμη 10.000 ανδρών στον Πειραιά και την επομένη κατέλαβε θέσεις στους ελαιώνες της Ιεράς Οδού. Η εμφάνιση του προκάλεσε άμεση εκκένωση της Αθήνας από τους άμαχους Τούρκους. Η φρουρά όμως οχυρώθηκε στην Ακρόπολη για να αμυνθεί εως ότου φθάσουν δυνάμεις τους από την Θήβα. ΄Ετσι άρχισε η πολιορκία της Ακροπόλεως που εως εκείνη την ώρα όλα τα μνημεία της ήταν άθικτα εξωτερικώς.
Οι πρώτες ζημιές που έκαναν οι Τούρκοι πριν τον βομβαρδισμό της Ακροπόλεως, ήταν η κατεδάφιση του ναού της Αθηνάς Νίκης κι έστησαν εκεί την πυροβολαρχία τους. Στο λόφο του Φιλοπάππου, ο Μοροζίνι τοποθέτησε συστοιχίες πυροβόλων και δύο μέρες μετά (23-9-1687) άρχισαν οι κανονιοβολισμοί και από τις δύο πλευρές. Στις 25 Σεπτεμβρίου μία βόμβα των Βενετών έπληξε τα προπύλαια με την αποθήκη πυρομαχικών, αλλά η μεγάλη ζημιά ήρθε το επόμενο βράδυ 26-9-1687, όταν μία βόμβα έπεσε στον Παρθενώνα που είχε μετατραπεί από τους Τούρκους σε προσωρινή αποθήκη πυρίτιδος. Από την μεγάλη έκρηξη πετάχτηκαν φλόγες, κομμάτια από μάρμαρα, οι τοίχοι του ναού κατέρρευσαν, γλυπτά συντρίμμια σωριάζονται στο εσωτερικό αφαιρώντας τη ζωή 300 ανθρώπων.
Η καταστροφή του Παρθενώνα προξένησε τους αλαλαγμούς ενθουσιασμού στους Γερμανούς μισθοφόρους για τον αρχηγός τους κόμητα Καίνιξμαρκ, που παρακολουθούσε περίλυπος την καταστροφή του Παρθενώνα!… Από την άλλη πλευρά οι Βενετοί ζητωκραύγαζαν για τον ηγέτη τους Μοροζίνι με την κραυγή « Vina la nostra Repubblica», ο οποίος την επομένη, σε έκθεση προς την κυβέρνηση του, δεν έκρυψε την ικανοποίηση του για τα αποτελέσματα της… θαυματουργού βόμβας που έπληξε τον Παρθενώνα. Έτσι, το σπουδαιότατο μνημείο της ανθρωπότητας, που άντεξε δυο χιλιάδες χρόνια, καταστρεφόταν τώρα από τους –υποτίθεται- εκπροσώπους της πολιτισμένης Δύσεως.
Ο Μοροζίνι δεν ήταν μόνο ο δολοφόνος του Παρθενώνα, αλλά ο άνθρωπος που μιμήθηκε ο Ελγιν, αφού καταλήστεψε τότε τις αρχαιότητες της Ελλάδος. Απέκοψε από τον Παρθενώνα μετά τον βομβαρδισμό του, από το δυτικό αέτωμα, τα γλυπτά του Ποσειδώνα και του άρματος της Νίκης για να τα πάει λάφυρα στην Βενετία, αλλά από αδέξιους χειρισμούς των εργατών, έπεσαν και διαλύθηκαν. Πήρε από τη Μονή της Πάτμου πολύτιμα κειμήλια και εικόνες και από την Αττική πήρε σημαντικά γλυπτά μνημεία ως τρόπαια.. Αφήρεσε τη λέαινα με τα ρουνικά χαράγματα που βρισκόταν στημένη στο λιμάνι του Πειραιά με την ονομασία «Πόρτο Λεόνε» και μαζί με ένα άλλο λιοντάρι που άρπαξε από το Θησείο, τοποθετήθηκαν και μέχρι σήμερα στολίζουν την είσοδο του Ναυστάθμου της Βενετίας…
Οι Τούρκοι στην Ακρόπολη συνέχισαν χωρίς αποτέλεσμα την άμυνα τους και στο τέλος συνθηκολόγησαν και παρέδωσαν τον Ιερό Βράχο της Ακροπόλεως. Οι Αθηναίοι που πριν από ένα χρόνο είχαν σπεύσει να προϋπαντήσουν στον Πειραιά τον Μοροζίνι προσφέροντας χρήματα, ζήτησαν μετά κι εξασφάλισαν τα κοινοτικά και εκκλησιαστικά προνόμια τους, αλλά για λίγο καιρό, αφού μετά ο τούρκος σερασκέρης με στρατό από την Θήβα, ξαναπήρε την Αθήνα…