Μετά από την αποψίλωση του δάσους όμως, κάποια… παράξενα ευρήματα των ερευνητών δημιούργησαν αρκετές απορίες. Μια σειρά από χαντάκια σε διάφορα σχήματα, ηλικίας μάλλον μεγαλύτερης του δάσους, δημιουργούν ένα μεγάλο ερώτημα. Κατά πόσο οι ιθαγενείς επηρέασαν τη δημιουργία του μεγαλύτερου και εντυπωσιακότερου τροπικού δάσους στο κόσμο;
Αλλα σε ευθεία μορφή και αλλά σε τετράγωνη ή κυκλική, διάφορα χαντάκια βρέθηκαν διάσπαρτα σε εδάφη του τροπικού δάσους που ανήκουν στην Βραζιλία και την Βολιβία. Αυτές οι ανθρώπινες κατασκευές, βάθους περίπου πέντε μέτρων, δημιουργούν ένα μεγάλο μυστήριο αφού ο λόγος ύπαρξης τους παραμένει αδιευκρίνιστος. Ισως να δημιουργήθηκαν για θρησκευτικούς λόγους, κατά τη τέλεση κάποιας ιεροτελεστίας. Ενα άλλο σενάριο θέλει τα χαντάκια να φτιάχτηκαν από τους ιθαγενείς ως ένας αμυντικός μηχανισμός. Το φλέγον ζήτημα ωστόσο είναι το κατά πόσο η δημιουργία του τροπικού δάσους επηρεάστηκε από τους ανθρώπους της περιοχής, είτε αυτοί το ήθελαν είτε όχι.
Μετά τις ανακαλύψεις των ερευνητών προέκυψε μια μεγάλη διαμάχη μεταξύ ιστορικών. Μια μεγάλη μερίδα πιστεύει πως οι κάτοικοι κατά μήκος του Αμαζονίου δεν ασχολήθηκαν σε μεγάλο βαθμό με την ξυλεία και δεν επηρέασαν σχεδόν καθόλου την εξέλιξη του δάσους. Αντίθετα, αρκετοί υποστηρίζουν πως ανά καιρούς υπήρξαν μεγάλες επιχειρήσεις «ισοπέδωσης» του δάσους κυρίως με μεγάλες φωτιές.
Οι επιστήμονες μελέτησαν δύο λίμνες που βρίσκονται μέσα στο τροπικό τοπίο του δάσους. Τα ιζήματα που βρέθηκαν αλλά και τα μεγάλα ποσοστά άνθρακα μπορεί να είναι αποτέλεσμα πυρκαγιών που προκλήθηκαν ακόμα και 2.000 με 3.000 παλαιότερα. Η εξέταση των λιμνών Oricore και Granja όμως δημιούργησε και ένα άλλο, ακόμα πιθανότερο σενάριο. Το κομμάτι του δάσους του Αμαζονίου που ανήκει στη Βολιβία, πριν από περίπου τρεις χιλιετίες έμοιαζε περισσότερο με αφρικανική σαβάνα, παρά με ζούγκλα.
Η «παλαιότερη» γύρη που βρέθηκε προέρχεται κυρίως από δέντρα ανθεκτικά σε ξηρασία και ψηλές θερμοκρασίες. Αντιθέτα, όσο τα χρόνια περνούσαν η περιοχή φαίνεται πως εμπλούτιζε την πανίδα της. Είναι πολύ πιθανό οι αλλαγή του κλίματος, οι περισσότερες βροχοπτώσεις αλλά και ο περιορισμός των πυρκαγιών να βοήθησε στη δημιουργία του τροπικού τοπίου. Ακόμα δεν έχει δοθεί πάντως ουσιαστική απάντηση στο ερώτημα της εξέλιξης του δάσους του Αμαζονίου.
Δείτε φωτογραφίες από τα χαντάκια που βρέθηκαν σε περιοχές του δάσους: